الهندسة الحيوية أو الهندسة البيولوجية، هي تطبيق مبادئ علم الأحياء والأدوات الهندسية لصناعة منتجات قابلة للاستخدام، ملموسة واقتصادية.
تطبق الهندسة الحيوية المعرفة والخبرة من عدد من العلوم الصرفة والتطبيقة، مثل قانون نقل الكتلة، الحرارة، الطاقة الحركية، الحوافز الحيوية، الميكانيكا الحيوية، المعلوماتية الحيوية، عمليات الفصل والتنقية، تصميم المفاعلات الحيوية، علوم الأسطح، ميكانيكا الموائع، الديناميكا الحرارية وعلم البوليمرات. يستخدم العلم في تصميم الأجهزة الطبية ومعدات التشخيص، المواد المتوافقة حيويا، الطاقة الحيوية المتجددة، الهندسة البيئية، الهندسة الزراعية وغيرها من المجالات التي تعمل على تحسين مستويات المعيشة في المجتمعات.
من أمثلة البحث في الهندسة الحيوية البكتيريا المهندسة في إنتاج المواد الكيميائية، تكنولوجيا التصوير الطبي الجديدة، أجهزة تشخيص الأمراض المحمولة والسريعة، الأطراف الصناعية، الصيدلة البيولوجية، المستحضرات الدوائية الحيوية وهندسة الأنسجة. تتشابه الهندسة الحيوية بشكل كبير مع التكنولوجيا الحيوية والعلوم الطبية الحيوية.
بشكل عام، يحاول المهندسون البيولوجيون (أو مهندسو الطب الحيوي) إما تقليد الأنظمة البيولوجية لإنشاء منتجات أو تعديل الأنظمة البيولوجية والتحكم فيها حتى تتمكن من استبدال أو تعزيز أو التنبؤ بالعمليات الكيميائية والميكانيكية. يستطيع المهندسون البيولوجيون تطبيق خبراتهم على التطبيقات الأخرى للهندسة والتكنولوجيا الحيوية، بما في ذلك التعديل الجيني للنباتات والكائنات الدقيقة، وهندسة العمليات الحيوية والتحفيز الحيوي.
أغلب عمل المهندسون البيولوجيون مع الأطباء، الصيادلة والباحثين يقومون بتطبيق المبادئ والتقنيات الهندسة التطبيقية ويطبقونها على المشكلات البيولوجية والطبية في العالم الحقيقي.
